A lo largo del Torneo Clausura 2012 los celestes adolecieron de varias lesiones de jugadores clave (Torrado, Giménez, Villa, Ponce, Araujo), que combinado con el empalme de calendario con Copa Libertadores mermaron físicamente el rendimiento del equipo. Su mejor resultado en la Copa Libertadores de América fue un subcampeonato en el año 2008. Por su parte, su mejor resultado en la Copa Sudamericana fue también un subcampeonato en 2009, perdiendo ambas finales en el mismo estadio Maracaná contra el mismo equipo, la Liga de Quito.
