En la Copa México Clausura 2016 el equipo del puerto obtuvo su segundo título de Copa México dirigidos por el chileno Carlos Reinoso, y lo consiguió al derrotar el miércoles 13 de abril de 2016 a los Rayos del Necaxa por 4 goles a 1, con dos anotaciones del argentino Julio César Furch, una del jarocho Hugo Cid y una más del argentino naturalizado mexicano Rodrigo Javier Noya. Así llegaron al equipo del puerto el medio mixto chileno Fernando Meneses de la Universidad Católica, el medio de contención argentino Gabriel Peñalba, el centro delantero argentino Julio César Furch, el mediocentro ofensivo uruguayo Juan Ángel Albin que procedía del fútbol de Rumania, camiseta qatar 2022 que junto con Daniel Keko Villalba y el colombiano naturalizado mexicano Leyton Jiménez defensa central le darían una nueva cara al tiburón junto con la base mexicana que se tenía se formó un buen equipo con lo cual se evitó el descenso y que el equipo de los Tiburones Rojos entrara a dos liguillas por el campeonato de la Primera División.
