Millonarios llegó invicto a Cuartos de final, instancia en la que se enfrentó al Atlético Nacional, cayendo en Medellín 1:0 y la vuelta, disputada en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá terminó empatada 1:1, con arbitraje del chileno Hernán Silva. En 1994, durante el cuadrangular final del torneo colombiano, Atlético Nacional con un gol a falta de 10 minutos para finalizar el clásico Paisa, le arrebata el título a los embajadores, que habían ganado su encuentro contra el América, en la ciudad de Bogotá por 3 goles a 0. En 1995, pareció repetirse la historia por Copa Libertadores: Millonarios volvió a ganar su grupo en la primera ronda, con un empate contra Atlético Nacional en Medellín y una victoria en Bogotá; continuó avanzando rondas y en la instancia definitiva, camiseta atletico de madrid los dos equipos revivieron su enfrentamiento de 1989. En esa instancia ganaron los verdolagas.
